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Abbildung: Die Collage enthält sechs Fotos zu Arbeitsschritten von Molekular-Analysen in einem Labor, durchgeführt von einem Wissenschaftler. Foto 1 zeigt ein Gerät zur Proben-Standardisierung. Foto 2 zeigt den Wissenschaftler bei der Arbeit an einem Gerät für die Polymerase-Kettenreaktion. Foto 3 zeigt den Wissenschaftler, der mit einer elektronischen Pipette eine Probe in ein Mikro-Reaktionsgefäß füllt. Foto 4 zeigt einen Sequenzer der Marke Illumina MiSeq. Foto 5 zeigt den Wissenschaftler an einem Gerät zur Bio-Informatik-Qualitätsprüfung. Foto 6 zeigt den Wissenschaftler an einem Schreibtisch vor einem Computer bei Eingaben zur Zuordnung.

Mikroorganismen, insbesondere Pilze und Bakterien, spielen eine wesentliche Rolle im Boden, unter anderem als Destruenten beim Abbau von organischen Substanzen und als Symbionten für das Wachstum und die Gesundheit von pflanzlichen Partnern. Neben diesen Wechselwirkungen mit Pflanzen werden Bodenmikroorganismen durch Umweltveränderungen, wie Landnutzung und Waldbewirtschaftung beeinflusst. Dennoch ist der Grad mit dem einzelnen Faktoren auf die mikrobielle Vielfalt und Zusammensetzung wirken, noch nicht vollständig geklärt.


Die Hauptaufgabe des Kernprojekts Mikroorganismen ist die Erfassung und das Monitoring, insbesondere der Pilzgemeinschaft, auf allen 300 Grünland- und Waldexperimentierplots (EPs). Neben koordinierten Probennahmen im Mai 2011 und 2014, wird das Kernprojekt auch 2017 für die Organisation der Beprobung aller 100 EPs des Hainich-Exploratoriums verantwortlich sein.

Darüber hinaus finden zwischen dem Kernprojekt und diversen Projekten Syntheseaktivitäten statt: u.a. mit Norbert Hölzel, Universität Münster oder Ellen Kandeler und Sven Marhan, Universität Hohenheim.


Die Ziele in der Phase (2017-2020) lauten:

1. Monitoring der Bodenmikroorganismen um zeitliche Effekte der Landnutzung und der Waldbewirtschaftung zu bestimmen (Bodenproben von 2011, 2014 und 2017).
2. Erfassung der Vielfalt von arbuskulären Mykorrhizapilzen (AMF) in allen EPs.
3. Untersuchung des Einflusses von Störung des Oberbodens und zusätzliche Saatguteinbringung auf die Anpassungsfähigkeit der Bodenmikroorganismen im Grasland (SADE).
4. Analyse der Pilzgemeinschaft bei unterschiedlicher Landnutzungsintensität und Störung innerhalb eines Jahres (TIMEMIC)


DNA Extraktion und Quantifikation aus Boden, Erstellung einer pilzlichen Amplikon Bibliothek und Next-Generation-Sequencing mit der Illumina MiSeq-Plattform, Bioinformatik (MOTHUR & QIIME) und multivariate Statistik.


Doc
The influence of forest gaps and their subsequent closure on the diversity of soil fungi
Der Einfluss von Waldlücken auf Bodenpilze
Wöltjen J. (2023): The influence of forest gaps and their subsequent closure on the diversity of soil fungi. Master thesis, University Koblenz-Landau
Doc
Influence of land use on the temporal dynamics of fungal communities across the German Biodiversity Exploratories (BE)
Einfluss von Landnutzung auf die zeitlichen Dynamiken von Bodenpilze in den Deutschen Biodiversitätexploratorien (BE)
Rivera Cerquera D. F. (2023): Influence of land use on the temporal dynamics of fungal communities across the German Biodiversity Exploratories (BE). Bachelor thesis, University of Leipzig
Doc
Goldmann K., Boeddinghaus R. S., Klemmer S., Regan K. M., Heintz-Buschart A., Fischer M., Prati D., Piepho H.-P., Berner D., Marhan S., Kandeler E., Buscot F., Wubet T. (2020): Unraveling spatio‐temporal variability of arbuscular mycorrhiza fungi in a temperate grassland plot. Environmental Microbiology 22 (3), 873-888. doi: 10.1111/1462-2920.14653
Mehr Informationen:  doi.org
Doc
Vergleichbare Pilzgemeinschaften in der Rhizosphäre von ansässigen Pflanzen und Phytometerpflanzen in bewirtschafteten Grünlandökosystemen
Schöps R., Goldmann K., Korell L., Bruelheide H., Wubet T., Buscot F. (2020): Resident and phytometer plants host comparable rhizosphere fungal communities in managed grassland ecosystems. Scientific Reports 10: 919. doi: 10.1038/s41598-020-57760-x
Doc
Goldmann K., Ammerschubert S., Pena R., Polle A., Wu B.-W., Wubet T., Buscot F. (2020): Early stage root-associated fungi show a high temporal turnover, but are independent of beech progeny. Microorganisms 8 (2), 210. doi: 10.3390/microorganisms8020210
Mehr Informationen:  doi.org
Doc
Verbreitung von medizinisch relevanten Antibiotikaresistenzgenen und mobilen genetischen Elementen in Wald- und Grünlandböden
Willms I. M., Yuan J., Penone C., Goldmann K., Vogt J., Wubet T., Schöning I., Schrumpf M., Buscot F., Nacke H. (2020): Distribution of Medically Relevant Antibiotic Resistance Genes and Mobile Genetic Elements in Soils of Temperate Forests and Grasslands Varying in Land Use. Genes 11 (2), 150. doi: 10.3390/genes11020150
Mehr Informationen:  doi.org
Doc
Der Einfluss von Borkenkäfern (Curculionidae, Scolytinae) auf das Mykobiom der Gemeinen Fichte (Picea abies (L.) H. Karst., Pinaceae) im Biodiversitäts-Exploratorium Hainich-Dün
Masch D. (2020): Der Einfluss von Borkenkäfern (Curculionidae, Scolytinae) auf das Mykobiom der Gemeinen Fichte (Picea abies (L.) H. Karst., Pinaceae) im Biodiversitäts-Exploratorium Hainich-Dün. Bachelor thesis, FU Berlin
Doc
Belowground plant microbiome diversity and community composition in grassland ecosystems along land-use gradients in the German Biodiversity Exploratories
Unterirdische Pflanzenmikrobiomvielfalt und Gemeinschaftszusammensetzung in Grünlandökosystemen entlang von Landnutzungsgradienten in den deutschen Biodiversitäts-Exploratorien
Schöps R. (2020): Belowground plant microbiome diversity and community composition in grassland ecosystems along land-use gradients in the German Biodiversity Exploratories. Dissertation, Leipzig University
Doc
Landnutzungsintsität anstatt von funktionellen Pflanzengruppen beeinflussen die bakterielle und pilzliche Rhizosphärengemeinschaft
Schöps R., Goldmann K., Herz K., Lentendu G., Schöning I., Bruelheide H., Wubet T., Buscot F. (2018): Land-use intensity rather than plant functional identity shapes bacterial and fungal rhizosphere communities. Frontiers in Microbiology 9:2711. doi: 10.3389/fmicb.2018.02711
Mehr Informationen:  doi.org
Doc
Auswirkung von pflanzlichen Nachbarschaftseffekten auf die pilzliche Diversität und Gemeinschaftszusammensetzung in der Rhizosphäre
Lohmaier A. (2018): Auswirkung von pflanzlichen Nachbarschaftseffekten auf die pilzliche Diversität und Gemeinschaftszusammensetzung in der Rhizosphäre. Master thesis, University Halle-Wittenberg
Doc
Weißbecker C., Buscot F., Wubet T. (2017): Preservation of nucleic acids by freeze-drying for next generation sequencing analyses of soil microbial communities. Journal of Plant Ecology 10 (1), 81-90. doi: 10.1093/jpe/rtw042
Mehr Informationen:  doi.org

Nicht veröffentlichte Datensätze

Dataset
Forest Gap Experiment (FOX): DNA-based analysis of soil fungal communities (Illumina MiSeq) – ASV abundances
Buscot, Francois; Goldmann, Kezia (2024): Forest Gap Experiment (FOX): DNA-based analysis of soil fungal communities (Illumina MiSeq) - ASV abundances. Version 5. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31838
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2021; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2021; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31955
Dataset
General soil fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) – OTU abundances
Goldmann, Kezia (2024): General soil fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) - OTU abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31960
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) – AMF taxonomy look-up table
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) - AMF taxonomy look-up table. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31959
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31958
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2023; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2023; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31956
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2014; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2014; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31953
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 300 EPs (from Soil Sampling Campains 2011, 2014, 2017, 2021 and 2023; Illumina MiSeq) – AMF taxonomic look-up table
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 300 EPs (from Soil Sampling Campains 2011, 2014, 2017, 2021 and 2023; Illumina MiSeq) - AMF taxonomic look-up table. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31957
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2011; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2011; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31952
Dataset
Forest Gap Experiment (FOX): DNA-based analysis of soil fungal communities (Illumina MiSeq) – ASV taxonomic look-up table
Buscot, Francois; Goldmann, Kezia (2024): Forest Gap Experiment (FOX): DNA-based analysis of soil fungal communities (Illumina MiSeq) - ASV taxonomic look-up table. Version 4. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31839
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2023; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2023; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31951
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2017; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 grassland EPs (from Soil Sampling Campain 2017; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31954
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2017; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2017; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31949
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2014; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2014; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31948
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2021; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2021; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 3. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31950
Dataset
Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2011; Illumina MiSeq) – AMF abundances
Goldmann, Kezia (2024): Arbuscular mycorrhizal fungi on all 150 forest EPs (from Soil Sampling Campain 2011; Illumina MiSeq) - AMF abundances. Version 5. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31947
Dataset
General soil fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) – taxonomy look-up table
Goldmann, Kezia (2024): General soil fungi on agricultural EPs (from soil pilot sampling April 2024; Illumina MiSeq) - taxonomy look-up table. Version 2. Biodiversity Exploratories Information System. Dataset. https://www.bexis.uni-jena.de. Dataset ID= 31961

Die sogenannten Kernprojekte der BE gingen aus dem Projekt zur Flächenauswahl und dem Aufbau der Exploratorien (2006-2008) hervor. Sie stellen seit 2008 die Infrastruktur bereit und erheben für alle Projekte wichtige Basisinformationen zu Landnutzung, Diversität und Ökosystemprozessen (Langzeitmonitoring). Zudem sie koordinieren projektübergreifende Aktivitäten wie etwa verschiedene Grossexperimente.

Projekt in anderen Förderperioden

Abbildung: Die Collage enthält sechs Fotos zu Arbeitsschritten von Molekular-Analysen in einem Labor, durchgeführt von einem Wissenschaftler. Foto 1 zeigt ein Gerät zur Proben-Standardisierung. Foto 2 zeigt den Wissenschaftler bei der Arbeit an einem Gerät für die Polymerase-Kettenreaktion. Foto 3 zeigt den Wissenschaftler, der mit einer elektronischen Pipette eine Probe in ein Mikro-Reaktionsgefäß füllt. Foto 4 zeigt einen Sequenzer der Marke Illumina MiSeq. Foto 5 zeigt den Wissenschaftler an einem Gerät zur Bio-Informatik-Qualitätsprüfung. Foto 6 zeigt den Wissenschaftler an einem Schreibtisch vor einem Computer bei Eingaben zur Zuordnung.
Microorganisms (Kernprojekt)
#Mikroorganismen & Pilze  #BEF  #Bodenökologie  #REX/LUX  #FOX  #2020 – 2023  #Funktionelle Diversität […]
Abbildung: Die Collage enthält sechs Fotos zu Arbeitsschritten von Molekular-Analysen in einem Labor, durchgeführt von einem Wissenschaftler. Foto 1 zeigt ein Gerät zur Proben-Standardisierung. Foto 2 zeigt den Wissenschaftler bei der Arbeit an einem Gerät für die Polymerase-Kettenreaktion. Foto 3 zeigt den Wissenschaftler, der mit einer elektronischen Pipette eine Probe in ein Mikro-Reaktionsgefäß füllt. Foto 4 zeigt einen Sequenzer der Marke Illumina MiSeq. Foto 5 zeigt den Wissenschaftler an einem Gerät zur Bio-Informatik-Qualitätsprüfung. Foto 6 zeigt den Wissenschaftler an einem Schreibtisch vor einem Computer bei Eingaben zur Zuordnung.
Microorganisms (Kernprojekt)
#Mikroorganismen & Pilze  #REX/LUX  #FOX  #BEF  #Bodenökologie  #2023 – 2026  #Funktionelle Diversität […]

Wissenschaftliche Mitarbeiter:innen

Prof. Dr. Francois Buscot (assoz.)
Alumni
Prof. Dr. Francois Buscot (assoz.)
Dr. Tesfaye Wubet
Alumni
Dr. Tesfaye Wubet
Dr. Kezia Goldmann
Mitarbeiterin
Dr. Kezia Goldmann
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ)
Ali Nawaz
Alumni
Ali Nawaz
Beatrix Schnabel
Mitarbeiterin
Beatrix Schnabel
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ)
Ricardo Schöps
Alumni
Ricardo Schöps
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